Lutando mas brilhante adolescente Minato Sahashi falhou seus exames de admissão da faculdade para o segundo tempo, resultando em ele ser rejeitada por aqueles que o rodeiam. No entanto, o curso de seu futuro aparentemente sombrio é alterada drasticamente quando uma bela mulher, sobrenatural cai do céu e em sua vida. Aquela mulher, Musubi, é um ser único, conhecido como um "Sekirei", um extraterrestre humanoide com habilidades extraordinárias. Estes aliens são conhecidos por beijar seres humanos portadores do gene Ashikabi para despertar poderes latentes adicionais profundamente dentro.

Reconhecendo o potencial dentro da juventude aparentemente insignificante, Musubi beija o Minato desnorteado, iniciando um vínculo entre os dois. Isto arrasta-o para o mundo high-stakes da Sekirei, onde ele e seu novo parceiro deve competir contra os outros em uma batalha para a sobrevivência chamado "Plano Sekirei." No entanto, sem o conhecimento dos concorrentes, há muito mais em risco que o que a concorrência inicialmente implicava.